Za zdravljenje Crohnove bolezni so na voljo različna zdravila ter drugi načini, kot so operacije in terapevtske diete. Vaš gastroenterolog bo pri odločanju o ustreznem načinu zdravljenja upošteval mesto prizadetosti in resnost vaše bolezni, spremljajoče zaplete in odziv na prejšnje zdravljenje. Dodatna pomoč psihologa ali odvajanje od kajenja lahko vaše zdravljenje še dodatno okrepi.

Glede na težo in mesto vnetja lahko izbiramo med različnimi zdravili.

Pri Crohnovi bolezni je prva terapevtska možnost medikamentozno zdravljenje. Vendar pa nekateri ljudje s Crohnovo boleznijo potrebujejo tudi operacijo. Operativni poseg je potreben, če zdravnik ugotovi, da je prisotno kancerozno tkivo ali potencialni kancerozni indikatorji v debelem črevesu ali če zdravila povzročajo resne neželene učinke in niso učinkovita. Operacija je potrebna tudi v primeru, če Crohnova bolezen povzroča zaplete, kot so črevesni absces, perforacija črevesja, fistule, črevesna blokada ali obstrukcija.

Čeprav psihični faktorji niso odločilni za nastanek Crohnove bolezni, imajo lahko vpliv na subjektivno doživljanje poteka bolezni.