Izbira zdravila je odvisna od tega, ali z njim zdravimo zagon bolezni ali je to vzdrževalno zdravljenje z namenom preprečevanja zagonov in poškodbe organa (črevesja).
Na voljo imamo različna zdravila, katerih skupna lastnost je zaustavitev vnetja. S temi zdravili lahko uspešno blažimo in nadziramo tipične bolezenske znake. Pri sumu na bakterijsko okužbo ali pri bolečinah lahko uporabimo tudi antibiotike ali protibolečinske tablete.
Protivnetna zdravila. Večina bolnikov s Crohnovo boleznijo prejema protivnetna zdravila v času zagona bolezni.
Imunomodulatorna zdravila. Ta zdravila zavirajo imunski odziv organizma in s tem vnetje.
Biološka zdravila. Biološka zdravila so v uporabi že več kot 100 let. Tudi inzulin in cepiva so biološka zdravila. Tako jih imenujemo zato, ker so izdelana na osnovi človeških ali živalskih beljakovin. Že več kot deset let se uspešno uporabljajo za zdravljenje imunsko pogojenih bolezni. Biološka zdravila delujejo ciljno na mediatorje vnetja v črevesju ter tako zmanjšajo vnetje. Zaradi visoke učinkovitosti privedejo do umiritve bolezni in bolnikom pomagajo doseči in vzdrževati stanje remisije. Za zdravljenje Crohnove bolezni je na voljo več različnih bioloških zdravil. Biološka zdravila bolniki prejemajo v obliki podkožnih injekcij ali infuzij, doma ali v bolnišnici, odvisno od vrste biološkega zdravila. Pred uvedbo zdravljenja z biološkim zdravilom je treba izključiti določene bolezni, predvsem nekatere okužbe in vnetja, ter preveriti posamezne laboratorijske pokazatelje.
Antibiotiki. Pomagajo pri zdravljenju abscesov in zmanjšanju sekrecije iz fistul. Predpisujejo jih tudi pri hujših okužbah.
Prehranski dodatki. Prehranski dodatki so pogosto potrebni pri bolnikih s splošno podhranjenostjo ter pri bolnikih s pomanjkanjem mineralov, vitaminov ter drugih življenjsko pomembnih hranil.